As pesquisas realizadas na FEF envolvem áreas da Ciência do Esporte (Biomecânica do Esporte, História do Esporte, Pedagogia do Esporte, Psicologia do Esporte, Sociologia do Esporte e Treinamento esportivo), Atividade Física Adaptada (qualidade de vida, grupos com necessidades especiais, indivíduos com deficiência, idosos, sedentários, obesos) e Educação Física e Humanidades (a partir dos aportes teóricos e metodológicos das humanidades).
Laboratórios (LABFEF, FISEX, LIB, LAMA...)